История Петропавловской крепости сложилась так, что после перестройки в каменную ей не пришлось принимать участия в военных операциях против внешнего врага.
На территории крепости в XVIII–XIX веках были построены Петропавловский собор, Комендантский дом, Инженерный деловой двор, Ботный домик, Монетный двор и другие здания различного назначения.
Хотя Петропавловская крепость строилась как оборонительное сооружение, ей не пришлось защищать город на Неве. В сознании многих поколений русских людей название ее вызывало прежде всего представление о мрачной тюрьме, заключение в которой было страшнее каторги.
Как место заключения она использовалась уже с первой четверти XVIII века.
«Она есть в то же время род Парижской Бастильи,- писал в своем дневнике камер-юнкер Берхгольц, - в ней содержатся все государственные преступники и нередко исполняются тайные пытки».
С конца XVIII века Петропавловская крепость — политическая тюрьма, в которой томились борцы с самодержавием и крепостничеством.
«С.-Петербургская крепость напротив дворца есть отвратительный памятник самодержавия, как фатальный знак, что они не могут существовать один без другого»,- писал бывший узник крепости декабрист А. М. Муравьев.
Для содержания узников вначале были приспособлены казематы крепостных стен, а затем построены и специальные тюрьмы: Секретный дом Алексеевского равелина (сначала деревянный, затем каменный) и Секретная тюрьма Трубецкого бастиона.
Впервые крепость была использована как государственная тюрьма еще при Петре I. В 1718 году в одном из помещений Трубецкого бастиона содержался сын Петра I царевич Алексей, принявший участие в заговоре бояр и духовенства против преобразований Петра I.
Он умер в Петропавловской крепости.