Таможенный переулок проходит от Университетской набережной до Биржевого проезда. Основание Петербургской таможни, осуществлявшей надзор за ввозом товаров, относится к 1703 году. Первоначально она находилась на Троицкой площади.
Несколько лет существовали две таможни — внутренняя и портовая, затем их объединили в одну. В начале 30-х годов XVIII века единая Таможня, торговая пристань и Биржа были переведены на Стрелку Васильевского острова Таможня и таможенные склады разместились по набережной Малой Невы, а также в районе переулка, получившего и сохранившего до настоящего времени название Таможенного.
С развитием торговли, когда таможенные учреждения уже не могли разместиться в приспособленных для них старых домах, на Стрелке Васильевского острова в 1829—1832 годах построили большое здание Таможни по проекту архитектора И. Ф. Лукини. Возможно, что в разработке проекта участвовал архитектор В. П. Стасов. На фронтоне, завершающем портик, были установлены отлитые из меди фигуры Меркурия, Нептуна и Цереры (древнегреческие боги — покровители торговли, мореплавания и плодородия). В 1927 году это здание передано Институту русской литературы Академии наук СССР (Пушкинский дом).
В конце XIX века в связи со строительством порта на Гутуевском острове туда же перевели и Таможню. Здания Таможни и таможенные склады были размещены на берегу Межевого канала. В начале XX века в северной части острова, недалеко от Таможни, выстроили набережную, которая также стала называться Таможенной.
Слово «таможня» восходит к тюркскому слову «тамга», что значило — «клеймо», «знак». В древней Руси тамгой называлась пошлина, взимавшаяся при наложении особого клейма на товар»