Таможенный переулок проходит от Университетской набережной до Биржевого проезда. Основание Петербургской таможни, осуществлявшей надзор за ввозом товаров, относится к 1703 году. Первоначально она находилась на Троицкой площади.
Несколько лет существовали две таможни — внутренняя и портовая, затем их объединили в одну. В начале 30-х годов XVIII века единая Таможня, торговая пристань и Биржа были переведены на Стрелку Васильевского острова Таможня и таможенные склады разместились по набережной Малой Невы, а также в районе переулка, получившего и сохранившего до настоящего времени название Таможенного.